El Monte Alverna fue regalado a San Francisco en 1213 por el Conde Orlando. El Conde describió la montaña como un lugar perfecto e ideal para la contemplación en plena naturaleza.
(…) «El monte Alverne está realmente aislado y salvaje y es perfecto para quienes quieran hacer penitencia en un lugar aislado o para quienes quieran vivir en soledad. Si lo desea, se lo daré a usted y a tus seguidores por la salvación de mi alma”.
En la montaña se estableció una ermita que se convirtió en el lugar preferido de Francisco y sus seguidores para pasar largos periodos de meditación y oración. Francisco subió por primera vez a la montaña en 1214 y volvió al Alverna al menos cuatro o cinco veces: en 1215, 1216, 1217, 1221 y 1224. La última estancia de Francisco en el Monte Alverna fue en 1224, cuando ya estaba cansado y enfermo. Esta última estancia fue probablemente la más larga de Francisco en la montaña, y la más memorable, pues fue entonces cuando recibió los estigmas el 17 de septiembre de 1224.
De la 1º vida de San Francisco de Tomas de Celano:
"Durante su permanencia en el eremitorio que, por el lugar en que está, toma el nombre de Alverna , dos años antes de partir para el cielo tuvo Francisco una visión de Dios : vio a un hombre que estaba sobre él; tenía seis alas, las manos extendidas y los pies juntos, y aparecía clavado en una cruz. Dos alas se alzaban sobre su cabeza, otras dos se desplegaban para volar, y con las otras dos cubría todo su cuerpo . Ante esta contemplación, el bienaventurado siervo del Altísimo permanecía absorto en admiración, pero sin llegar a descifrar el significado de la visión. Se sentía envuelto en la mirada benigna y benévola de aquel serafín de inestimable belleza; esto le producía un gozo inmenso y una alegría fogosa; pero al mismo tiempo le aterraba sobremanera el verlo clavado en la cruz y la acerbidad de su pasión. Se levantó, por así decirlo, triste y alegre a un tiempo, alternándose en él sentimientos de fruición y pesadumbre. Cavilaba con interés sobre el alcance de la visión, y su espíritu estaba muy acongojado, queriendo averiguar su sentido. Mas, no sacando nada en claro y cuando su corazón se sentía más preocupado por la novedad de la visión, comenzaron a aparecer en sus manos y en sus pies las señales de los clavos, al modo que poco antes los había visto en el hombre crucificado que estaba sobre sí.
Las manos y los pies se veían atravesados en su mismo centro por clavos, cuyas cabezas sobresalían en la palma de las manos y en el empeine de los pies y cuyas puntas aparecían a la parte opuesta. Estas señales eran redondas en la palma de la mano y alargadas en el torso; se veía una carnosidad, como si fuera la punta de los clavos retorcida y remachada, que sobresalía del resto de la carne. De igual modo estaban grabadas estas señales de los clavos en los pies, de forma que destacaban del resto de la carne. Y en el costado derecho, que parecía atravesado por una lanza, tenía una cicatriz que muchas veces manaba, de suerte que túnica y calzones quedaban enrojecidos con aquella sangre bendita".
